Se han reportado eventos de transmisión de SARS-CoV-2 (Síndrome Respiratorio Agudo Severo Coronavirus 2) de humanos a animales en especies domésticas y silvestres en todo el mundo. A pesar de las altas tasas de contagio y mortalidad durante la pandemia de COVID-19 (Enfermedades por Coronavirus 2019) en Perú, no se han documentado casos de infección natural por el virus en animales silvestres, particularmente en las regiones amazónicas donde las interacciones entre humanos y vida silvestre son prevalentes. En este estudio, realizamos una investigación de vigilancia utilizando secuenciación de ARN viral de muestras fecales recolectadas de 76 primates no humanos (NHP) en cautiverio y semi-cautiverio en las regiones de Loreto, Ucayali y Madre de Dios entre agosto de 2022 y febrero de 2023. Detectamos un segmento del gen de la ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) de SARS-CoV-2 mediante secuenciación metagenómica en una muestra fecal agrupada de capuchinos de frente blanca en un centro de rescate en Bello Horizonte, Ucayali. El análisis filogenético confirmó además que la secuencia parcial recuperada del gen RdRp coincidía con el genoma de SARS-CoV-2. Este estudio representa el primer caso documentado de detección molecular de SARS-CoV-2 en NHP en la Amazonía peruana, subrayando el impacto adverso de las actividades antropogénicas en la interfaz humano-NHP y enfatizando la importancia de la vigilancia continua para la detección temprana y la predicción de la futura aparición de nuevas variantes de SARS-CoV-2 en animales.