Los patógenos fúngicos representan una gran amenaza para la producción de alimentos en todo el mundo. Tradicionalmente, los fungicidas químicos han sido el principal medio para controlar estos patógenos, pero muchos de estos fungicidas han sido objeto de un mayor escrutinio recientemente debido a sus efectos negativos en la salud de los humanos, los animales y el medio ambiente. Además, el uso de fungicidas químicos puede resultar en el desarrollo de resistencia en poblaciones de hongos fitopatógenos. Por lo tanto, se necesitan nuevas alternativas ecológicas que proporcionen niveles adecuados de control de enfermedades para reemplazar los fungicidas químicos, si no completamente, al menos parcialmente. Se han desarrollado varias alternativas a los fungicidas químicos convencionales, incluyendo elicitores de defensa de plantas (EDPs); agentes de control biológico (hongos, bacterias y micovirus), ya sea solos o en consorcios; fungicidas bioquímicos; productos naturales; métodos de interferencia de ARN (ARNi); y mejora de la resistencia. Este artículo revisa los métodos convencionales y alternativos disponibles para gestionar los patógenos fúngicos, discute sus fortalezas y debilidades, e identifica áreas potenciales para futuras investigaciones.