Desde que la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos presentó su estrategia integral de innovación en 2010, numerosos países han estado actualizando sus políticas de innovación. Posteriormente a la promulgación, las políticas de innovación de Japón cambiaron el enfoque de específico por disciplina a orientado a problemas sociales. Este estudio investiga la respuesta del sector académico japonés a este cambio de política y las características de los proyectos de investigación asociados con la política de innovación utilizando estadísticas descriptivas de documentos de política y la base de datos de Subvenciones para la Investigación Científica. Los hallazgos revelan que los investigadores japoneses han alineado cada vez más sus esfuerzos con los temas de investigación propuestos por el gobierno en los últimos años, con un notable cambio hacia proyectos de investigación a corto plazo. Además, las universidades japonesas están experimentando reformas que las están transformando en instituciones emprendedoras al alterar las estructuras de incentivos. Aunque estas reformas pueden generar resultados de investigación a corto plazo, no siempre pueden abordar las necesidades sociales a largo plazo. El enfoque cada vez más restringido en los temas de investigación podría limitar el impacto potencial de la investigación e impedir el desarrollo de soluciones innovadoras a los desafíos sociales. Desde este punto de vista, evaluar la relación entre los temas de investigación propuestos por el gobierno y la productividad investigadora de Japón es crítico. Las universidades y las instituciones de investigación pública desempeñan un papel social vital en la ampliación de la base de conocimiento fundamental a través de la investigación básica, mientras que las empresas privadas pueden carecer de la motivación para invertir en investigación y desarrollo con baja apropiabilidad. Estos resultados pueden ser beneficiosos para los responsables de políticas al reconsiderar la división del trabajo en la colaboración entre la industria y la academia en una economía intensiva en conocimiento.