La familia Brassicaceae se distingue por incluir cultivos de alto valor como el repollo, el brócoli, la mostaza y el wasabi, todos ellos reconocidos por sus glucosinolatos. En esta familia, muchas especies poliploides están distribuidas y moldeadas por numerosas duplicaciones completas del genoma, duplicaciones independientes del genoma y eventos de hibridación. La trayectoria evolutiva de la familia está marcada por una mayor diversificación y división de linajes después de la paleo- y meso-poliploidización, con restos discernibles de duplicaciones completas del genoma dentro de sus genomas. Los recientes eventos de neopoliploidización aumentaron notablemente la proporción de especies poliploides dentro de la familia. Aunque los esfuerzos de secuenciación del genoma de Brassicaceae han sido robustos, distinguir con precisión los subgenomas sigue siendo un desafío significativo, complicando frecuentemente el proceso de ensamblaje. Las estrategias de ensamblaje incluyen análisis comparativos con especies ancestrales y el examen de k-mers, retrotransposones de repetición terminal larga y secuenciación de polen. Esta revisión explora de manera integral las características genómicas únicas de la familia Brassicaceae, con un énfasis particular en los eventos de poliploidización y las últimas estrategias para la secuenciación y el ensamblaje. Esta revisión mejorará significativamente nuestra comprensión de la poliploidia en la familia Brassicaceae y ayudará en los métodos futuros de ensamblaje del genoma.