Antecedentes: La artritis reumatoide (AR) es una sinovitis crónicamente persistente y una inflamación sistémica. Aunque se detectan múltiples contribuyentes, solo uno es fundamental en el período neonatal: la selección negativa de células T naïve autoinmunes por el factor de transcripción regulador autoinmune (AIRE). Métodos: Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en el sitio de unión al ADN pueden determinar su función y expresión. Nuestro objetivo fue analizar polimorfismos alélicos específicos del sitio en dos exones (rs878081 y rs1055311) y tres intrones (rs1003853, rs2075876 y rs1003854) con riesgo de AR. Nuestro estudio analítico de casos y controles analizó a 270 pacientes con AR y 322 sujetos de control en cinco modelos genéticos diferentes utilizando PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) con ensayos TaqMan. Resultados: Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre las probabilidades de polimorfismos alélicos en los loci de rs878081, rs1003854 y rs1003853 entre los controles y los pacientes con AR, y la actividad de la enfermedad parecía estar significativamente asociada con los subgrupos genotípicos de rs878081 y rs1055311. Nuestro análisis in silico apoyó esto, sugiriendo que las alteraciones específicas de alelos en la afinidad de unión de las familias de factores de transcripción podrían determinar la actividad de la AR. Conclusión: Nuestros hallazgos destacan la participación de la autotolerancia neonatal en la patogénesis de la AR, proporcionando nuevas perspectivas sobre el desarrollo de la enfermedad y allanando el camino para un análisis de polimorfismos genéticos específicos del sitio para ampliar el tiempo de intervención para la AR.