Los polimorfismos son factores importantes para la terapia basada en inhibidores de la bomba de protones. Examinamos los genotipos y analizamos la distribución entre etnias y resultados clínicos en Indonesia. Empleamos el método de reacción en cadena de la polimerasa y polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción para determinar los genotipos y evaluamos la gravedad de la inflamación con el sistema de Sydney actualizado. Para el genotipo, el 46.4% eran alelos homocigotos tipo salvaje, el 14.5% eran alelos homocigotos mutados y el 39.2% eran alelos heterocigotos. Para el otro genotipo, el 88.6% eran alelos homocigotos tipo salvaje, el 2.4% eran alelos homocigotos mutados y el 9.0% eran alelos heterocigotos. En general, la prevalencia de metabolizadores rápidos, intermedios y pobres en Indonesia fue del 38.5%, 41.6% y 19.9%, respectivamente. En el grupo de metabolizadores pobres, la frecuencia del alelo fue del 78.8%, que fue mayor que la frecuencia del alelo (21.2%). Los papúes tenían una probabilidad significativamente mayor de poseer metabolizadores pobres que los balineses (OR 11.0; P = 0.002). La prevalencia de metabolizadores pobres fue menor en comparación con los metabolizadores rápidos e intermedios entre los pacientes con gastritis y enfermedad por reflujo gastroesofágico. Los metabolizadores intermedios tuvieron la mayor prevalencia, seguidos por los metabolizadores rápidos y los metabolizadores pobres. Por lo tanto, se debe considerar un ajuste de dosis al administrar terapia basada en inhibidores de la bomba de protones en Indonesia.