El papel de HER2 en los tumores mamarios caninos no está completamente elucidado, y los resultados contradictorios publicados hasta ahora pueden explicarse, en parte, por la variabilidad genética reconocida en el gen HER2 canino. Se han asociado recientemente polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en HER2 con histotipos de tumores mamarios caninos menos agresivos. Este estudio evalúa la relación entre los SNP rs24537329 y rs24537331 en el gen HER2 canino y las características clinicopatológicas y el resultado de los tumores mamarios en un grupo de 206 perras. Se observaron variantes alélicas en el 69.8% y el 52.7% de las perras para el SNP rs24537329 y rs24537331, respectivamente. Nuestros resultados demostraron que el SNP rs24537331 estaba asociado con una disminución de la necrosis tumoral (HR: 3.09; p = 0.012) y con una mayor supervivencia general específica de la enfermedad (HR: 2.59; p = 0.013). Sin embargo, no se encontraron asociaciones estadísticamente significativas entre el SNP rs24537329 y las características clinicopatológicas de los tumores o la supervivencia. Nuestros datos sugieren que el SNP rs24537331 puede tener un efecto protector en los tumores mamarios caninos, permitiendo la identificación de un subgrupo de animales propensos a desarrollar formas menos agresivas de la enfermedad. Este estudio enfatiza la importancia de las pruebas genéticas asociadas con imágenes clínicas y exámenes histológicos al evaluar los resultados de los tumores mamarios caninos.