Las fracturas causadas por la sobrecarga ósea son una de las principales causas de eutanasia en caballos de carreras pura sangre. Se ha demostrado que el riesgo de fractura fatal está influenciado tanto por factores ambientales como genéticos, pero hasta la fecha no se han identificado mecanismos genéticos específicos que subyacen a las fracturas. En este estudio, utilizamos un puntaje de riesgo poligénico a nivel genómico para establecer un sistema celular in vitro para estudiar la regulación de genes óseos en caballos con alto y bajo riesgo genético de fractura. El análisis de expresión de genes candidatos reveló una expresión diferencial de genes en osteoblastos derivados de caballos de alto y bajo riesgo. La secuenciación de todo el genoma de dos casos de fractura y dos caballos de control reveló un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) aguas arriba de un gen que se confirmó en una cohorte más grande como significativamente asociado con fracturas. Las herramientas bioinformáticas predijeron que este SNP podría afectar la unión del factor de transcripción SOX11. La modulación del gen demostró que SOX11 está aguas arriba de otro gen, y la región se une a proteínas nucleares. Además, los ensayos de luciferasa demostraron que la región que contiene el SNP tiene actividad promotora. Sin embargo, el efecto específico del SNP depende del contexto genético más amplio de las células y sugiere que otros factores también pueden estar involucrados en la regulación de la expresión. En conclusión, hemos identificado un nuevo SNP que está significativamente asociado con el riesgo de fractura y proporcionamos nuevas perspectivas sobre la regulación del gen.