Un número creciente de especies acuáticas ha sido estudiado por su polimorfismo genético, lo que amplía el conocimiento sobre sus poblaciones naturales. Un tipo de marcador molecular de alta resolución adecuado para estudiar la diversidad genética de un gran número de individuos es el polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Esta revisión es un intento de mostrar el rango de aplicaciones de los SNP en estudios de poblaciones naturales de animales acuáticos. En los últimos años, los SNP se han utilizado en el análisis genético de poblaciones de peces e invertebrados silvestres y mejorados en hábitats naturales, especies migratorias explotadas en los océanos, peces anádromos y de agua dulce migratorios y especies demersales. Los SNP se han utilizado para la identificación de especies y sus híbridos en entornos naturales, para estudiar las consecuencias genéticas de la repoblación con fines de conservación y los efectos negativos sobre las poblaciones naturales de peces que escapan accidentalmente de la cultura. Los SNP son muy útiles para identificar regiones genómicas correlacionadas con variantes fenotípicas relevantes para la protección de la vida silvestre, la gestión y la acuicultura. Las capturas experimentales selectivas por tamaño de poblaciones creadas en tanques han causado cambios evolutivos en los ciclos de vida de los peces. Los resultados de la investigación se han discutido para aclarar si las poblaciones de peces en condiciones naturales pueden sufrir cambios debido a la pesca selectiva que tiene como objetivo a los peces de crecimiento más rápido.