Los retrovirus endógenos (ERVs) son una de las superfamilias de retrotransposones de repetición terminal larga (LTRs) en ratones y humanos. Aproximadamente el 8% del genoma del cerdo está compuesto por secuencias derivadas de LTRs. Aunque la mayoría de los ERVs en cerdos se han degradado, un pequeño número de copias completas aún pueden movilizarse dentro del genoma. Este estudio investigó los polimorfismos de inserción retroviral (RIPs) inexplorados generados por la movilización de ERVs de longitud completa (Fl-ERVs) y evaluó su impacto en la variación fenotípica para obtener información sobre el papel biológico de los Fl-ERVs en cerdos. En general, se predijeron 39 RIPs (inserciones o deleciones en relación con el genoma de referencia del cerdo) generados por Fl-ERVs mediante análisis genómico comparativo, y 18 de ellos fueron confirmados por detección por PCR. Cuatro sitios de RIP (D5, D14, D15 y D18) fueron evaluados adicionalmente mediante análisis poblacional, y todos mostraron polimorfismos en múltiples razas. El sitio de RIP de ERV-D14, que es un Fl-ERV insertado en el gen similar a STAB2, fue confirmado adicionalmente por secuenciación. El análisis poblacional del sitio polimórfico de ERV-D14 revela que presenta información de polimorfismo moderada en la raza de cerdo Large White, y el análisis de asociación revela que el RIP de ERV-D14 está asociado con variaciones de edad a 30 kg de peso corporal (< 0.05) y 100 kg de peso corporal (< 0.01) en la población de cerdos Large White (= 480). Además, el RIP de ERV-D14 está asociado con cambios en la expresión del gen objetivo STAB2-like en el hígado, la grasa dorsal y la grasa de hoja en cerdos Sushan. Estos datos sugieren que algunos Fl-ERVs aún se están movilizando en el genoma del cerdo y contribuyen a variaciones genómicas y fenotípicas.