La poda mecánica ha surgido como una alternativa viable a la poda manual tradicional en huertos de manzanas en fuerzas laborales con limitaciones de mano de obra y poblaciones envejecidas. Si bien la poda mecánica reduce la demanda de mano de obra y mejora la eficiencia operativa, sus efectos en la fisiología del árbol y el desarrollo del fruto siguen siendo poco comprendidos. En este estudio, examinamos las respuestas fisiológicas y transcriptómicas de los manzanos a la poda mecánica (PM) y la poda manual (PM), con un enfoque en el metabolismo hormonal, la actividad fotosintética y la adaptación al estrés. Se aplicaron tratamientos de poda en un huerto utilizando una podadora mecánica montada en un tractor y tijeras manuales, y se evaluaron respuestas metabólicas distintas después de la poda en múltiples puntos temporales utilizando análisis transcriptómico. A las 168 horas después de la PM, los árboles mostraron una regulación a la baja de genes, lo que indica una reducción en la capacidad de captura de luz. Además, un gen clave en la biosíntesis de flavonoides también se reguló a la baja, lo que sugiere una supresión del metabolismo secundario y una respuesta fisiológica distinta a la PM. Además, genes sensibles al estrés se regularon al alza, indicando la activación de redes de señalización adaptativas. Por el contrario, los árboles podados manualmente mostraron respuestas relativamente moderadas en las mismas vías, lo que sugiere mecanismos regulatorios específicos del método de poda. Estos hallazgos destacan cómo los métodos de poda influyen de manera distinta en la recuperación del árbol y la dinámica de expresión génica, ofreciendo información sobre la optimización de sistemas de poda para una producción de manzanas sostenible y de alta calidad en condiciones de limitación de mano de obra.