El campo del microbioma humano está creciendo rápidamente debido a los recientes avances en tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. Mientras tanto, también se han desarrollado muchos nuevos pipelines analíticos, métodos y/o herramientas para el preprocesamiento y análisis de datos de microbiomas. Por lo general, se centran en datos de microbiomas con respuestas continuas (por ejemplo, índice de masa corporal) o binarias (por ejemplo, enfermo vs. sano), sin embargo, las respuestas multicategóricas que tienen más de dos categorías también son comunes en la realidad. En este artículo, presentamos una nueva plataforma en la nube unificada, llamada MiMultiCat, para el análisis de datos de microbiomas con respuestas multicategóricas. Las dos características principales distintivas de MiMultiCat son las siguientes: Primero, MiMultiCat simplifica una larga secuencia de procedimientos de preprocesamiento de datos de microbiomas y análisis en interfaces web fáciles de usar; como tal, es fácil de usar para muchas personas en diversas disciplinas (por ejemplo, biología, medicina, salud pública). Segundo, MiMultiCat realiza tanto pruebas de asociación como modelado de predicción de manera extensiva. Para las pruebas de asociación, MiMultiCat maneja tanto contextos ecológicos (por ejemplo, diversidad alfa y beta) como taxonómicos (por ejemplo, filo, clase, orden, familia, género, especie) a través de análisis ajustados por covariables o no ajustados. Para el modelado de predicción, MiMultiCat emplea los algoritmos de bosque aleatorio y aumento de gradiente que son adecuados para datos de microbiomas al tiempo que proporcionan interpretaciones visuales agradables. Demostramos su uso a través de la reanálisis de datos de microbioma intestinal sobre la obesidad con categorías de índice de masa corporal. MiMultiCat está disponible de forma gratuita en nuestro servidor web.