Las dos variedades de mangostán (L.) cultivadas en Malasia son conocidas como Manggis y Mesta. La última es preferida por su sabor, textura y ausencia de semillas. Aquí, informamos sobre un plastidoma completo (156,580 pb) de la variedad Mesta que se obtuvo a través de un enfoque de ensamblaje híbrido utilizando lecturas de secuenciación de PacBio e Illumina. Este abarca una gran región de copia única (LSC) (85,383 pb) y una pequeña región de copia única (SSC) (17,137 pb) que están separadas por 27,230 pb de regiones de repetición invertida (IR) en ambos extremos. El plastidoma comprende 128 genes, a saber, 83 genes que codifican proteínas, 37 genes de tRNA y 8 genes de rRNA. Se encontró que el plastidoma de la variedad Manggis (156,582 pb) obtenido a partir de un ensamblaje guiado por referencia de lecturas de Illumina era casi idéntico al de Mesta, excepto por dos indels y la presencia de un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Los análisis comparativos con otros plastidomas disponibles públicamente, incluyendo , , var. Tailandia, , , y , encontraron que el contenido genético, el orden de los genes y la orientación de los genes estaban altamente conservados entre las especies. El análisis filogenómico dividió los seis plastidomas en tres grupos, con las variedades Mesta y Manggis agrupadas más cerca de , , y , mientras que la variedad Tailandia se agrupó con en otro grupo. Estos hallazgos sirven como referencias futuras para la identificación de especies o variedades y facilitan el análisis filogenómico de linajes del género para comprender mejor su historia evolutiva.