La soja en el cultivo intercalado en relevo se expone inicialmente a un ambiente de sombra, seguido de la exposición a luz solar plena después de la cosecha de cultivos primarios, como el maíz. Por lo tanto, la capacidad de la soja para aclimatarse a este entorno de luz cambiante determina su crecimiento y formación de rendimiento. Sin embargo, los cambios en la fotosíntesis de la soja bajo tales alternancias de luz en el cultivo intercalado en relevo son poco comprendidos. Este estudio comparó la aclimatación fotosintética de dos variedades de soja con tolerancia al sombra contrastante, es decir, (tolerante a la sombra) e (intolerante a la sombra). Los dos genotipos de soja se cultivaron en un invernadero bajo condiciones de luz solar plena (HL) y 40% de luz solar plena (LL). Posteriormente, después de que se expandió la quinta hoja compuesta, la mitad de las plantas LL se transfirieron a un ambiente de alta luz solar (LL-HL). Se midieron rasgos morfológicos a los 0 y 10 días, mientras que el contenido de clorofila, las características de intercambio de gases y la fluorescencia de clorofila se evaluaron a los 0, 2, 4, 7 y 10 días después de la transferencia a un ambiente HL (LL-HL). La variedad intolerante a la sombra mostró fotoinhibición 10 días después de la transferencia, y la tasa fotosintética neta () no se recuperó completamente a la de un nivel de luz alta. En el día de la transferencia, la variedad intolerante a la sombra, , exhibió una disminución en la tasa fotosintética neta (), la conductancia estomática () y la tasa de transpiración () en los tratamientos de baja luz (LL) y de baja luz a alta luz (LL-HL). Además, la concentración de CO intracelular () aumentó en baja luz, lo que sugiere que los factores no estomáticos fueron las principales limitaciones para la fotosíntesis tras la transferencia. En contraste, la variedad tolerante a la sombra, , mostró un mayor aumento a los 7 días después de la transferencia, sin que se observaran diferencias entre los tratamientos HL y LL-HL. Diez días después de la transferencia, la variedad tolerante a la sombra exhibió un 24.1%, 10.9% y 20.9% más de biomasa, área foliar y diámetro del tallo que la intolerante. Estos hallazgos sugieren que posee una mayor capacidad para adaptarse a las variaciones en las condiciones de luz, lo que la convierte en un candidato potencial para la selección de variedades en sistemas de cultivo intercalado.