Las plantas participan en relaciones simbióticas con microorganismos del suelo para superar las limitaciones de nutrientes en su entorno. Entre las interacciones endosimbióticas mejor estudiadas en las plantas se encuentran las que tienen con hongos micorrízicos arbusculares (AM) y bacterias fijadoras de nitrógeno llamadas rizobios. Los mecanismos que regulan la homeostasis y adquisición de nutrientes en las plantas involucran pequeñas moléculas móviles como péptidos y micro ARN (miARN). Se ha informado que un gran número de hormonas péptidas CLE (CLAVATA3/REGIÓN DE EMBRIÓN ALREDEDOR RELACIONADA) y CEP (PEPTIDO CODIFICADO EN EL EXTREMO C) así como ciertos miARN responden de manera diferencial a la disponibilidad de nutrientes esenciales como nitrógeno (N) y fósforo (P). Curiosamente, un grupo parcialmente superpuesto de estas moléculas está involucrado en las respuestas de las plantas a la colonización de raíces por rizobios y hongos AM, así como en la nutrición mineral. La interacción entre la endosimbiosis de raíces y la disponibilidad de nutrientes ha sido objeto de intensas investigaciones, y continúan surgiendo nuevos conocimientos sobre moléculas móviles local o sistémicamente en la señalización relacionada tanto con nutrientes como con simbiosis. Centrándonos en los papeles clave de los péptidos y miARN, revisamos los mecanismos que dan forma a las respuestas de las plantas a la limitación de nutrientes y regulan el establecimiento de asociaciones simbióticas con microorganismos beneficiosos del suelo.