La constante aparición de amenazas graves para la salud, como la resistencia a los antibacterianos o los virus altamente transmisibles, requiere la investigación de nuevos enfoques terapéuticos para descubrir y desarrollar nuevos antimicrobianos, que serán críticos en la lucha contra la resistencia y en asegurar opciones disponibles. Debido a la riqueza y variedad estructural de los compuestos naturales, las técnicas centradas en obtener nuevos principios activos de fuentes naturales han dado resultados prometedores. Esta revisión describe productos naturales y extractos de América Latina con actividad antimicrobiana contra cepas multirresistentes, así como clases y subclases de metabolitos secundarios de plantas con actividad antimicrobiana y las estructuras de compuestos prometedores para combatir microbios patógenos resistentes a los medicamentos. Se discuten los principales mecanismos de acción de los compuestos antimicrobianos de plantas encontrados en plantas medicinales, y también se resumen extractos de plantas con actividad contra hongos patógenos y propiedades antivirales y sus posibles mecanismos de acción. Por ejemplo, los metabolitos secundarios obtenidos que muestran actividad contra el SARS-CoV son aloe-emodina, beta-sitosterol, hesperetina, índigo y sinigrina. Se discuten las estructuras de los compuestos antimicrobianos de plantas encontrados en plantas medicinales de América Latina. Los estudios más relevantes, revisados en el presente trabajo, se han centrado en evaluar diferentes tipos de extractos con varias clases y subclases de metabolitos secundarios con actividad antimicrobiana. Se necesitan más estudios sobre las relaciones estructura-actividad.