La expansión de especies invasoras alienígenas es una amenaza mundial que afecta a la mayoría de los ecosistemas. Las islas y los ecosistemas de agua dulce se encuentran entre los más vulnerables a la invasión de especies, lo que resulta en una reducción de la biodiversidad. En este estudio, nuestro objetivo fue explorar la composición florística de la vegetación acuática en cuatro lagunas en el sureste de Cozumel y evaluar la ocurrencia y abundancia de plantas alienígenas y potencialmente invasoras. Encontramos un total de 43 especies herbáceas acuáticas o submarinas que están sujetas a inundaciones periódicas. Los análisis de agrupamiento clasificaron las lagunas en dos grupos según su composición florística. Los resultados demuestran que las plantas alienígenas y potencialmente invasoras fueron dominantes en 3 de las 4 lagunas, representando entre el 7 y el 43% de las especies. Seis de estas especies fueron notablemente abundantes, especialmente en tres lagunas. Además, 2 especies se consideran entre las 100 peores especies invasoras a nivel mundial, aunque su abundancia en México sigue siendo relativamente reducida. Cinco especies alienígenas y potencialmente invasoras son terrestres y crecen en la orilla de las lagunas, mientras que una es acuática. Son necesarias acciones urgentes de control y gestión. Estas deberían incluir (a) detección temprana y vigilancia para determinar si las especies alienígenas encontradas se comportan como invasoras; (b) comprensión de la relevancia de las especies invasoras; (c) prevención e interceptación; y (d) control y gestión. La restauración del hábitat, una legislación adecuada, la colaboración entre las partes interesadas y la concienciación sobre los peligros de liberar o cultivar especies invasoras en la naturaleza también son necesarias.