Las variaciones en la temperatura y los patrones de lluvia inducidas por el cambio climático son una amenaza seria en todo el mundo. Las inundaciones son el principal desafío para la productividad agrícola, y se cree que se volverán más intensas bajo un clima cambiante. Las inundaciones son una forma grave de estrés que reduce significativamente los rendimientos de los cultivos, y se predice que las anomalías climáticas futuras empeorarán aún más el problema en muchas áreas del mundo. Para hacer frente al estrés por inundaciones prevalente, las plantas han desarrollado diferentes adaptaciones morfológicas y anatómicas en sus raíces, células de aerenquima y hojas. Por lo tanto, los investigadores están prestando más atención a identificar los mecanismos moleculares desarrollados y adoptados por las plantas con el objetivo de obtener cultivares resistentes a inundaciones. En esta revisión, discutimos las diversas adaptaciones fisiológicas, anatómicas y morfológicas (células de aerenquima, barreras ROL (pérdida de oxígeno radial) y raíces adventicias) y la regulación fitohormonal en las plantas bajo estrés por inundación. Esta revisión comprende innovaciones y estrategias en curso para mitigar el estrés por inundación, y también proporciona nuevas perspectivas sobre cómo este conocimiento puede ser utilizado para mejorar la productividad en el escenario de un clima que cambia rápidamente y una creciente intensidad de inundaciones.