La realización de levantamientos con vehículos aéreos no tripulados volando cerca del terreno es crucial para la recolección de detalles que no son visibles al volar a mayores altitudes. Este tipo de misiones se puede aplicar en varios escenarios, como búsqueda y rescate, agricultura de precisión y monitoreo ambiental, por nombrar algunos. Presentamos una estrategia para la generación de trayectorias a baja altitud para el seguimiento del terreno. La trayectoria se genera teniendo en cuenta la morfología del área de interés, representada como un Modelo de Superficie Digital (DSM) georreferenciado, mientras se asegura una separación segura de cualquier obstáculo. El modelo de superficie del escenario se crea utilizando un software de fotogrametría basado en UAV, que procesa las imágenes adquiridas durante una misión preliminar a gran altitud. La solución fue desarrollada, probada y verificada tanto en simulación como en escenarios reales con un multirrotor equipado con sensores de bajo costo. Los resultados experimentales demostraron la validez de la generación de trayectorias a altitudes más bajas que la mayoría de los trabajos disponibles en la literatura. Las imágenes adquiridas durante la misión a baja altitud fueron procesadas para obtener una reconstrucción de alta resolución del área como resultado representativo de la aplicación.