Los proteomas actuales requieren el análisis trifecta, a saber, la predicción, validación y evaluación funcional de una proteína modelada. La principal desventaja de este esfuerzo es la falta de un protocolo único que utilice un conjunto adecuado de herramientas de código abierto validadas para predecir con precisión la estructura y función de una proteína. El presente estudio rectifica esta desventaja a través del diseño y desarrollo de dicho protocolo. El protocolo comienza con la caracterización de una nueva secuencia codificante para identificar la proteína expresada. Luego reconoce y aísla motivos de secuencia evolutivamente conservados a través de la filogenética. El siguiente paso es predecir la estructura secundaria de la proteína, seguido de la predicción, refinamiento y validación de su estructura terciaria tridimensional. Estos pasos permiten el análisis funcional de la macromolécula a través del acoplamiento de proteínas, lo que facilita la identificación del sitio activo de la proteína. Cada uno de estos pasos es crucial para la caracterización completa de la proteína en estudio. Hemos denominado a este proceso el análisis trifecta. En este estudio, hemos demostrado la efectividad de nuestro protocolo utilizando las proteínas cistatina C y AChE. Comenzando solo con sus secuencias, hemos caracterizado las estructuras y funciones de ambas proteínas, incluyendo la identificación del sitio activo de siete residuos de la proteína cistatina C y la garganta del sitio activo de la proteína AChE a través del acoplamiento proteína-proteína y proteína-ligando, respectivamente. Este proceso beneficiará enormemente tanto a científicos nuevos como experimentados en la obtención de una sólida comprensión del análisis trifecta, resultando en un efecto dominó que podría expandir el desarrollo de fármacos.