La función muscular está regulada por numerosos genes y vías de señalización que interactúan. Para explorar los cambios en los tipos de músculo esquelético de los caballos mongoles (MG), los caballos Xilingol (XL) y los Thoroughbreds de pastizal (CY), se utilizó inmunofluorescencia para determinar que los Thoroughbreds de pastizal tienen la mayor proporción de fibras musculares de contracción rápida. El análisis de RNA-seq reveló 105 y 104 genes expresados diferencialmente en los grupos CY vs. MG y CY vs. XL, respectivamente, que estaban funcionalmente enriquecidos en contracción muscular, la vía de señalización mTOR y la vía de señalización HIF-1. Además, los ARN no codificantes expresados diferencialmente pueden regular genes objetivo involucrados en el establecimiento de adaptaciones específicas del músculo esquelético. Este estudio contribuye a la mejora genética de la población de Thoroughbreds de pastizal y proporciona una importante base de investigación para comprender sus mecanismos de adaptación ambiental y rendimiento atlético.