Los avances en técnicas de micropropagación han ayudado a producir clones fieles al tipo de muchas plantas hortícolas importantes. Sin embargo, varios cultivares de manzana son difíciles de enraizar in vitro. En estos casos, se inducen raíces adventicias junto con la formación no deseada de callo, lo que disminuye la tasa de aclimatación de plantines producidos in vitro. En este estudio, dos portainjertos de manzana, M9 y M26, fueron sometidos a diferentes concentraciones de ácido indol-3-butírico (AIB) para inducir la formación de raíces. Aunque la adición de AIB al medio indujo la formación de raíces, la rizogénesis estuvo acompañada por la formación no deseada de callo en ambos cultivares. Por otro lado, en el análisis de expresión génica, los genes de la sintasa de ácido indol-3-acético (AIA) se expresaron más en M9 que en M26. Esto sugiere que los niveles endógenos de auxina pueden ser más altos en M9, lo que podría explicar por qué los plantines de M9 son difíciles de enraizar y experimentan altos niveles de formación de callo durante la propagación. Además, el medio de enraizamiento que contenía 0.1 mg·L de AIB se suplementó con diferentes concentraciones de floroglucinol (0, 0.5, 1.0 y 2.0 mM) para examinar si la eficiencia de enraizamiento directo en el M9 podría mejorarse. La adición de 1.0 mM de floroglucinol aumentó el porcentaje de enraizamiento y disminuyó la formación de callo en el portainjertos M9. El portainjertos M9 es un cultivar deseable pero presenta un problema con el enraizamiento directo fiel al tipo. La adición de floroglucinol puede mejorar el enraizamiento directo y eliminar la formación de callo durante la propagación.