El germoplasma de cereza dulce contiene una alta variedad de fenotipos que están asociados con el tamaño y la forma de la fruta, así como con el contenido de azúcar, etc. La alta variación fenotípica puede ser el resultado de la diversidad genética o epigenética que puede interactuar a lo largo del tiempo. Estudios recientes han proporcionado evidencia de que, además de la variación alélica, la variación epialélica puede establecer nuevos fenotipos heredables. Aquí realizamos un estudio genético y epigenético (utilizando marcadores de polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados (AFLP) y de polimorfismo amplificado sensible a la metilación (MSAP), respectivamente), acompañado de un análisis de correlación de rasgos fenotípicos en los grupos genéticos de cereza dulce. La diversidad genética media fue mayor que la diversidad epigenética (h = 0.193; h = 0.185), mientras que no se encontró una relación significativa entre la distancia genética y epigenética según una prueba de Mantel. Además, según los análisis de correlación, nuestros resultados proporcionaron evidencia de que la diversidad epigenética en poblaciones predefinidas de cereza dulce tuvo un impacto más fuerte en los rasgos fenotípicos que su rica diversidad genética.