Se debate si la ecotoxicidad de las sustancias activas (SAs) contenidas en pesticidas sintéticos aplicados en la agricultura convencional (conSAs) difiere de las SAs naturales utilizadas en la agricultura orgánica (orgSAs). Usando las estadísticas oficiales de uso de pesticidas, evaluamos la ecotoxicidad de las SAs utilizadas en la producción de manzanas y viñedos en Austria. En 2022, se autorizaron 49 conSAs y 21 orgSAs para la producción de manzanas y 60 conSAs y 23 orgSAs para la producción de viñedos en Austria. Basándonos en los datos públicamente disponibles sobre el uso real de pesticidas en la producción de manzanas y viñedos (del año 2017), evaluamos su ecotoxicidad basándonos en información de las Bases de Datos de Propiedades de Pesticidas y Bio-Pesticidas de acceso libre. Los resultados mostraron que, aunque la cantidad de SAs aplicadas por hectárea de campo era mayor en la agricultura orgánica, las toxicidades intrínsecas de las SAs utilizadas en la agricultura convencional eran mucho mayores. El número de dosis tóxicas letales (DL) de SAs aplicadas en huertos convencionales de manzanas fue 645%, 15% y 6011% más alto para las abejas, aves y lombrices, respectivamente, que en la producción orgánica de manzanas. En los viñedos convencionales, las dosis letales para abejas, aves y lombrices fueron 300%, 129% y 299% más altas que en los viñedos orgánicos. Concluimos que promover la agricultura orgánica contribuiría a una mejor protección de la biodiversidad en tierras agrícolas y más allá.