La familia Plantaginaceae, que consta de 12 tribus, es una familia diversa y cosmopolita. Hasta la fecha, las relaciones intertribales de esta familia no se han resuelto, y la estructura y composición del plastoma dentro de Plantaginaceae rara vez han sido investigadas de manera integral. En este estudio, comparamos los plastomas de 41 especies de Plantaginaceae (incluyendo 6 muestras recién secuenciadas y 35 especies representativas públicamente) que representan 11 tribus. Para aclarar las relaciones intertribales de Plantaginaceae, inferimos relaciones filogenéticas basadas en los análisis concatenados y coalescentes de 68 genes codificadores de proteínas plastidiales. Se realizó un análisis de PhyParts para evaluar el nivel de concordancia y conflicto entre los árboles genealógicos a través del árbol de especies. Los resultados indican que la mayoría de los plastomas de Plantaginaceae son en gran medida conservados en términos de estructura del genoma y contenido génico. A diferencia de la mayoría de los estudios anteriores, se recuperó una filogenia robusta utilizando datos de plastoma, proporcionando nuevas perspectivas para una mejor comprensión de las relaciones intertribales de Plantaginaceae. Tanto las filogenias concatenadas como las coalescentes favorecieron la relación de hermana entre Plantagineae y Digitalideae, así como entre Veroniceae y Hemiphragmeae. Sibthorpieae se diversificó en una rama separada que era hermana de un clado que comprende las cuatro tribus mencionadas anteriormente. Además, la relación de hermana entre Russelieae y Cheloneae está fuertemente respaldada. Los resultados de PhyParts mostraron congruencia y conflicto en los árboles genealógicos en diversos grados, pero la mayoría de los genes plastidiales fueron poco informativos para los nodos filogenéticos, revelando los defectos de estudios anteriores que utilizaron secuencias de ADN plastidial únicas o múltiples para inferir la filogenia de Plantaginaceae.