El análisis tradicional de enriquecimiento de conjuntos de genes falla cuando se aplica a grandes dominios genómicos, donde los genes vecinos a menudo comparten funciones. Esta dependencia espacial crea enriquecimientos engañosos, confundiendo la mera proximidad física con conexiones biológicas genuinas. Aquí presentamos el Ontología de Genes Ajustada Espacialmente (SAGO), un nuevo enfoque basado en permutaciones cíclicas, para abordar este desafío. SAGO separa los enriquecimientos debidos a la proximidad espacial de los vínculos biológicos genuinos al incorporar la disposición espacial de los genes en el análisis. Aplicamos SAGO a varios conjuntos de datos en los que los intervalos genómicos identificados son grandes, incluidos los dominios de tiempo de replicación, grandes dominios H3K9me3 y H3K27me3, compartimentos HiC y dominios asociados a la lámina (LADs). Curiosamente, aplicar SAGO a muestras de cáncer de próstata con grandes dominios de alteración del número de copias (CNA) eliminó la mayoría de los términos GO enriquecidos, ayudando así a identificar con precisión conjuntos de genes biológicamente relevantes vinculados a procesos oncogénicos, libres de sesgo espacial.