La ostra de manglar Crassostrea rhizophorae es un recurso estuarino explotado por comunidades ribereñas del noreste de Brasil. A pesar de su importancia socioeconómica, los estudios sobre el estado de salud de este bivalvo son escasos en esta región. El propósito del presente estudio fue investigar la presencia del protozoo Perkinsus sp. en C. rhizophorae recolectada en agosto y septiembre de 2011 en tres estuarios del noreste septentrional de Brasil: Jaguaribe (Ceará), Camurupim (Piauí) y Carnaubeiras (Maranhão) (n = 150 especímenes/sitio). Las muestras se sometieron a medio de tioglicolato fluido de Ray (RFTM), PCR y ensayos histológicos. El ensayo RFTM reveló hipnosporas esféricas, de color azul o negro azulado, del género Perkinsus en 50 especímenes (Jaguaribe = 17,3 %, Camurupim = 5,3 %, Carnaubeiras = 10,6 %). La intensidad de la infección varió de muy leve (1-10 células por portaobjetos) a severa (más de 40 células en cada uno de los 10 campos del portaobjetos) para Jaguaribe; muy leve para Camurupim y de muy leve a moderada (al menos 40 células observadas en cada uno de los 10 campos del portaobjetos) para Carnaubeiras. Al someterse a un análisis de PCR confirmatorio, se confirmaron 6 casos (Jaguaribe = 3, Camurupim = 1, Carnaubeiras = 2). El estudio histológico confirmó 21 casos de infección en especímenes de los tres estuarios. Aunque los recolectores locales no han reportado mortalidad en poblaciones de ostras que pueda atribuirse a la infección por Perkinsus, es aconsejable la vigilancia sanitaria de las poblaciones de ostras en la región septentrional del noreste de Brasil.