Este estudio informa sobre el patógeno Perkinsus beihaiensis en ostras del género Crassostrea en la costa del Estado de Bahía (Brasil), su prevalencia, intensidad de la infección y correlación con la salinidad. Se recolectaron ostras (n = 240) entre octubre y diciembre de 2014 en ocho estaciones de muestreo entre las latitudes 13°55’S y 15°42’S. Los procedimientos de laboratorio incluyeron análisis macroscópico, histología, cultivo en medio de tioglicolato fluido de Ray (RFTM), reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de ADN. La PCR y la secuenciación también se utilizaron para la identificación genética de las ostras. Se identificaron dos especies de ostras: Crassostrea rhizophorae y C. brasiliana. En ambas especies de ostras, P. beihaiensis fue la única especie de Perkinsus detectada. En C. rhizophorae, la prevalencia promedio fue del 82,8% según histología y del 65,2% según RFTM. En C. brasiliana, las prevalencias fueron del 70,5% y del 35,7%, respectivamente. La mayor prevalencia de P. beihaiensis en C. rhizophorae probablemente se debió a la salinidad, con la cual se correlacionó positivamente (r > 0,8). En ambas ostras, P. beihaiensis se localizó principalmente en el epitelio gástrico. La infección fue generalmente leve o moderada, sin daño aparente para los hospedadores, pero en casos de infección grave, se observó una reacción hemocítica y desorganización tisular. La prevalencia generalmente alta en la región sugiere que se debe monitorear la presencia de este patógeno en las ostras, especialmente en las zonas de cultivo.