La enfermedad periodontal equina (EPE) es un síndrome inflamatorio oral doloroso caracterizado por una patogénesis multifactorial. Aunque se sabe que la proliferación bacteriana y la consiguiente gingivitis son causadas por el proceso de descomposición de los restos de alimentos, en especies hipsoodontas, el papel patogénico y las diferentes especies bacterianas involucradas en la progresión de la EPE deben ser completamente aclarados. Este estudio tuvo como objetivo investigar la asociación de bacterias, incluyendo las bacterias rojas complejas (BRC), con la EPE, y evaluar posibles factores de riesgo de EPE. Se investigaron especies bacterianas, incluyendo , , (pertenecientes a las BRC), , , y , en 125 hisopos orales de caballos sanos y afectados por EPE utilizando PCR multiplex en tiempo real. Posteriormente, se evaluaron posibles factores de riesgo (es decir, edad, sexo y raza de los animales y tipo de alimento utilizado) utilizando análisis univariados y multivariados. spp. y spp. se detectaron en una proporción significativamente mayor de caballos afectados por EPE que en animales sanos, aunque los patógenos pertenecientes a las BRC se detectaron en un bajo número de caballos. Al mismo tiempo, ninguno de los patógenos investigados se asoció significativamente con una etapa particular de la gravedad de la enfermedad. Los caballos mayores de 20 años tenían un mayor riesgo de EPE. La alta tasa de coinfección, asociada estadísticamente con la EPE, apoya la hipótesis de que la EPE es un síndrome complejo caracterizado por la posible participación simultánea de varios patógenos y un mayor riesgo dependiendo de la edad del animal. La higiene oral constante es la mejor prevención para prevenir y tratar la enfermedad, especialmente en animales mayores.