El fotoperíodo es un factor clave en la reproducción de las ovejas, y se desconoce el mecanismo de la glándula tiroides en la reproducción. En este estudio, se utilizaron análisis de RNA-seq y bioinformática para explorar los efectos de diferentes fotoperíodos en la expresión de miARN de la tiroides. En total, se encontraron 105 miARN diferencialmente expresados, la mayoría de los cuales eran nuevos miARN. El análisis funcional mostró que la respuesta al fotoperíodo estaba relacionada con las vías de señalización olfativa, Wnt y Apelina. El análisis de la red LncRNA-mRNA-miRNA revela los objetivos de miARN. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la función de miARN en la tiroides de las ovejas bajo el fotoperíodo.