Antecedentes: El asma equina leve (AEL) y el asma equina severa (AES) son dos de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias equinas más frecuentes, pero el conocimiento sobre su patogénesis es limitado. El objetivo de este estudio fue investigar las diferencias en la expresión génica en el tracto respiratorio de caballos afectados por AEL y AES y su relación con los signos clínicos. Métodos: Se realizaron exámenes clínicos y endoscopias en 8 caballos afectados por AES, 10 caballos afectados por AEL y 7 controles sanos. Se realizaron análisis citológicos y microbiológicos del líquido de lavado broncoalveolar (LBA). El perfil de expresión génica del LBA se realizó mediante un microarreglo de oligo-DNA personalizado. Resultados: En ambos, AEL y AES, se observaron genes involucrados en la génesis, longitud y motilidad de los cilios del epitelio respiratorio que estaban regulados a la baja. En AEL, se observó una sobreexpresión significativa de genes que codifican mediadores inflamatorios. En AES, se observaron transcritos involucrados en la broncoconstricción, apoptosis y vías de hipoxia que estaban significativamente regulados al alza, mientras que los genes involucrados en la formación de la película muco-proteica protectora estaban subexpresados. El grupo de AES también mostró un enriquecimiento de redes génicas activadas durante el asma humano. Conclusiones: El presente estudio proporciona una nueva perspectiva sobre la patogénesis del asma equina, representando el primer paso en el análisis transcriptómico para mejorar los enfoques diagnósticos y terapéuticos para esta enfermedad respiratoria.