La echinococcosis alveolar (EA) y la echinococcosis quística (EQ) son dos enfermedades parasitarias causadas por los tenias y (s. l.), respectivamente. Actualmente, la EA y la EQ se diagnostican principalmente mediante técnicas de imagen, serología y datos clínicos y epidemiológicos. Sin embargo, no hay marcadores de viabilidad que indiquen el estado del parásito durante la infección. Los pequeños ARN extracelulares (sARN) son ARN no codificantes cortos que pueden ser secretados por las células a través de su asociación con vesículas extracelulares, proteínas o lipoproteínas. Los sARN circulantes pueden mostrar una expresión alterada en estados patológicos; por lo tanto, se estudian intensamente como biomarcadores para varias enfermedades. Aquí, perfilamos los transcriptomas de sARN de pacientes con EA y EQ para identificar nuevos biomarcadores que ayuden en las decisiones médicas cuando los procedimientos diagnósticos actuales son inconclusos. Para ello, se analizaron sARN endógenos y parasitarios mediante secuenciación de sARN en suero de pacientes negativos, positivos y tratados, así como de pacientes que albergan una lesión no parasitaria. En consecuencia, se identificaron 20 sARN expresados diferencialmente asociados con EA, EQ y/o lesión no parasitaria. Nuestros resultados representan una caracterización en profundidad del efecto y s. l. que ejercen sobre el paisaje extracelular de sARN en infecciones humanas y proporcionan un conjunto de nuevos biomarcadores candidatos para la detección tanto de EA como de EQ.