Los tomates son cultivos hortícolas importantes en todo el mundo. La marchitez por Verticillium es una enfermedad que causa pérdidas graves en el rendimiento de los tomates. Se puede clasificar en tres razas distintas en los tomates. Identificamos el gen específico de la raza 3 y encontramos que VdR3e desencadenó respuestas inmunitarias en el cultivar de tomate resistente IVF6384. Confirmamos que VdR3e desencadena respuestas inmunitarias en los padres de las plantas IVF6384 y realizamos secuenciación del transcriptoma entre las plantas masculinas y femeninas de IVF6384 después de la infiltración de VdR3e para analizar la posible red reguladora de respuesta a VdR3e. Encontramos que ambos padres tenían una serie de respuestas de desintoxicación y resistencia al estrés a VdR3e, pero las del padre masculino de IVF6384 estaban concentradas en vías de señalización relacionadas con la resistencia a enfermedades. Además, varios genes diferencialmente expresados vitales involucrados en la anotación funcional relacionada con las interacciones planta-patógeno y la señalización de hormonas vegetales estimularon respuestas inmunitarias. Este estudio proporciona una nueva y completa perspectiva sobre la resistencia del tomate a la marchitez por Verticillium.