La soja es la principal fuente de proteína vegetal y se utiliza para diversos propósitos, principalmente para alimentar animales. Este cultivo puede tener diversos colores de cubierta de semilla, que varían desde amarillo, negro, marrón y verde hasta bicolor. Las variedades de cubierta de semilla negra ya se han asignado como favorables tanto para la producción de semillas como de granos. Así, este trabajo tuvo como objetivo identificar genes asociados con la calidad de la semilla de soja comparando los transcriptomas de semillas de soja con colores de cubierta de semilla contrastantes. Los resultados de los análisis de RNA-seq se validaron con PCR en tiempo real utilizando la variedad BRS 715A (cubierta de semilla negra) y las variedades BRS 413 RR y DM 6563 IPRO (cubierta de semilla amarilla). Encontramos 318 genes expresados diferencialmente en todas las variedades (semillas recién cosechadas y semillas almacenadas en cámara fría). A partir del análisis in silico de los transcriptomas, se seleccionaron y validaron los siguientes genes con RT-qPCR: , , , , , , y . Estos genes son genes inducidos en la variedad de cubierta de semilla negra y son parte de las vías responsables de la biosíntesis de etileno, lípidos, brassinosteroides, lignina y aminoácidos azufrados. El gen BRSMG 715A tiene casi 4 veces más lignina que las variedades de cubierta de semilla amarilla. Estos atributos están relacionados con la mayor calidad de semilla de la variedad BRSMG 715A, lo que se traduce en más longevidad y resistencia a la humedad y daños mecánicos. Futuros estudios de silenciamiento pueden evaluar la eliminación de estos genes para comprender mejor la biología de las semillas de soja con cubierta de semilla negra.