La pudrición de la espiga por Fusarium (FHB) es una de las enfermedades más peligrosas del trigo de invierno, lo que resulta en una reducción del rendimiento y la calidad del grano, así como en la producción de micotoxinas por los hongos. En el presente estudio, se investigaron los cambios en la metabolómica del grano de muestras de trigo de invierno infectadas con spp. y muestras no infectadas correspondientes de dos localidades en Croacia mediante GC-MS. Una prueba de Mann-Whitney reveló que 24 metabolitos detectados estaban significativamente separados entre muestras inoculadas y no infectadas durante las interacciones de variedad por tratamiento. Los resultados confirmaron que en granos de seis variedades resistentes a FHB, se identificaron diez metabolitos como posibles metabolitos relacionados con la resistencia. Estos metabolitos incluían ácido heptadecanoico, ácido 9-(Z)-hexadecenoico, sofurose y secolaganina en granos de variedades resistentes a FHB en la localidad de Osijek, así como ácido 2-metilaminometiltartónico, ácido maleámico, 4-hidroxifenilacetonitrilo, ácido 1,4-lactonaarabinónico, secolaganina y alanina en granos de variedades resistentes a FHB en la localidad de Tovarnik. Además, en el bi-gráfico de PCA, las variedades de trigo susceptibles a FHB estaban más cerca de glicil prolina, ácido decanoico y dímero de ácido láctico, lo que podría haber afectado a otros metabolitos y, por lo tanto, suprimido la resistencia a FHB. Aunque las reacciones de defensa estaban condicionadas genéticamente y eran específicas de la variedad, los cambios metabolómicos resultantes pueden ofrecer información sobre las vías relacionadas con la defensa que podrían ser manipuladas para diseñar plantas con una resistencia mejorada al patógeno.