Lograr la sostenibilidad económica en el sector de producción de aceite de oliva es un desafío. Esto es especialmente cierto para los productores a pequeña escala que se enfrentan a costos de prensado, producción y comercialización que, en relación con las ventas totales, minimizan las ganancias. En este estudio, nuestro objetivo fue describir el perfil fenólico de los aceites de oliva virgen extra (AOVE) derivados de las islas maltesas. Las fracciones polares de los AOVEs de nueve variedades autóctonas (seis Bidni y tres Malti), un árbol aclimatado históricamente (Bajda), 12 cultivares extranjeros cultivados localmente y 32 AOVEs extranjeros fueron extraídas utilizando SPE (extracción en fase sólida), separadas mediante análisis de HPLC a 280 nm y 320 nm, e identificadas mediante espectrometría de masas. La aplicación de ANOVA y la prueba de hipótesis post hoc de Tukey para el análisis de varianza en las áreas de pico identificaron una concentración significativamente mayor de ácido p-cumárico, acetato de tirosol, DHPEA-EDA y oleocantal en los AOVEs derivados de cultivares autóctonos o aclimatados históricamente. Los cultivares importados pero cultivados localmente mostraron diferencias al compararse con el mismo cultivar cultivado en otros países, confirmando que las condiciones pedoclimáticas modulan los factores genéticos.