La acumulación de lípidos en varias microalgas ha sido inducida por la privación de nitrógeno, y controla la expresión de muchos genes diferentes. Sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes aún permanecen en gran parte desconocidos. Los microARN (miARN) desempeñan un papel crítico en la regulación génica post-transcripcional. En este estudio, se planteó la hipótesis de que los miARN están involucrados en la acumulación de lípidos por la privación de nitrógeno. Se utilizó una plataforma de secuenciación profunda para explorar las respuestas mediadas por miARN inducidas por la privación de nitrógeno en . Los grupos ortólogos de proteínas eucariotas (KOG) que funcionan en los genes diana predichos de miARN con respuesta a la privación de nitrógeno estaban principalmente involucrados en mecanismos de transducción de señales, incluyendo la transcripción, el transporte de lípidos y el metabolismo. Se predijeron un total de 109 miARN, incluyendo 79 miARN conocidos y 30 miARN novedosos. Un total de 29 miARN mostraron expresiones diferenciadas significativamente después de la privación de nitrógeno, y la mayoría de ellos fueron regulados al alza. Un total de 10 miARN y sus genes diana podrían estar involucrados en el proceso biológico de transporte y metabolismo de lípidos. Este estudio investiga por primera vez los miARN regulados por la privación de nitrógeno en microalgas y amplía las perspectivas sobre la importancia de los miARN en la acumulación de lípidos en microalgas a través de la privación de nitrógeno. Este estudio proporciona orientación teórica para la aplicación de microalgas en la producción de ingeniería de bioaceite.