La enfermedad de Crohn (EC) y la artritis reumatoide (AR) son enfermedades inflamatorias mediadas por el sistema inmunológico. Varios estudios indican un papel para los microARN (miARN) en la patogénesis de una variedad de enfermedades autoinmunitarias, incluyendo la EC y la AR. El objetivo de nuestro estudio fue investigar los miARN circulantes en pacientes con EC y AR para identificar nuevos biomarcadores potenciales para la detección temprana y enfoques terapéuticos personalizados para enfermedades autoinmunitarias. Para este estudio, se reclutaron sujetos con EC ( = 7), AR ( = 8) y controles sanos ( = 7), y se recolectó plasma para la secuenciación de miARN. La comparación de los patrones de expresión de miARN entre pacientes con EC y pacientes sanos identificó 99 miARN expresados diferencialmente. De estos miARN, 4 estaban regulados a la baja, mientras que 95 estaban regulados al alza. La comparación de miARN entre pacientes con AR y pacientes sanos identificó 57 miARN expresados diferencialmente. De esos, 12 estaban regulados a la baja, mientras que 45 estaban regulados al alza. Para todos los miARN regulados a la baja en pacientes con EC y AR, 420 términos de GO para procesos biológicos fueron regulados de manera similar entre ambos grupos. Por lo tanto, la identificación de nuevos miARN plasmáticos permite la aparición de nuevos biomarcadores que pueden ayudar en el diagnóstico y tratamiento de la EC y la AR.