La roya del cafeto es causada por Berk. y Broome y es la enfermedad más importante del café en todas las regiones donde se cultiva café. Aquí, buscamos secuenciar el transcriptoma de la raza XXXIII para obtener una base de datos que se pueda utilizar como referencia en estudios de la interacción entre el hongo y el café. Además, nuestro objetivo era identificar genes diferencialmente expresados que tengan el potencial de actuar como proteínas efectoras durante la interacción. La secuenciación de las bibliotecas de cDNA de uredosporas y de interacciones compatibles e incompatibles en diferentes momentos clave generó alrededor de 162 millones de lecturas recortadas. Identificamos 3523 genes diferencialmente expresados. Los resultados sugirieron que el transcriptoma fúngico se altera dinámicamente a lo largo de la infección y que la interacción con una planta susceptible regula al alza un conjunto mayor de genes fúngicos que la interacción con una planta resistente. El análisis de la red de co-expresión nos permitió identificar genes candidatos con el mismo patrón de expresión que otros efectores de . El análisis de PCR cuantitativo identificó siete transcritos que podrían ser efectores involucrados en la interacción café- . Esta información proporciona una base para obtener nuevos conocimientos sobre los mecanismos moleculares de la infección en este patosistema. Comprender la expresión génica durante el proceso de infección puede contribuir a dilucidar los mecanismos moleculares que llevan a la ruptura de la resistencia por nuevas razas fisiológicas del hongo.