La mejora de la fertilidad bovina causada por un problema multifactorial siempre ha sido un tema candente, entre los cuales la detección de genes diana disponibles es el más crucial. Se hipotetizó que el gen de la subunidad 1 del complejo de matriz extracelular de Fraser (1) detectado por GWAS está involucrado en actividades fisiológicas como el desarrollo ovárico. En este estudio, se utilizaron ovarios unilaterales de 2111 vacas para examinar el perfil de expresión de ARNm y los polimorfismos bovinos y sus asociaciones con características relacionadas con la fertilidad. En primer lugar, se confirmó que los transcritos génicos se expresan en varios tejidos bovinos. Luego, entre cinco loci potenciales de inserción-deleción (indel), se confirmó que las mutaciones de deleción de 20 pb (denominada P3-D20-bp) y 15 pb (P4-D15-bp) eran polimórficas con equilibrio de ligadura. En segundo lugar, el polimorfismo P3-D20-bp se asoció significativamente con el peso ovárico y el diámetro del cuerpo lúteo en la fase metaestral y la longitud ovárica en la etapa diestro. Además, tanto la longitud ovárica como el diámetro del folículo maduro en metaestro están significativamente correlacionados con diferentes genotipos de P4-D15-bp. En tercer lugar, la expresión transcripcional del gen en grupos con un valor mínimo de peso o volumen ovárico fue significativamente mayor que la expresión en grupos con un valor máximo. En cambio, cuanto más cuerpo lúteo y folículos maduros haya, mayor será la expresión transcripcional del gen. Además, la expresión en vacas con un genotipo heterocigoto (ID) de P3-D20-bp fue significativamente mayor que en otros. Finalmente, la deleción de P3-D20-bp podría alterar la eficiencia de unión de WT1-I y Sox2 a la secuencia según la predicción de unión, lo que indica que la mutación puede afectar la expresión génica y los rasgos al influir en la unión de factores de transcripción. En general, los polimorfismos de P3-D20-bp y P4-D15-bp del gen bovino se correlacionaron significativamente con rasgos de folículos u ovarios que podrían aplicarse en la optimización de la fertilidad femenina en programas de cría MAS de vacas.