A pesar del pronóstico generalmente desfavorable del cáncer de páncreas, existe heterogeneidad en los cursos clínicos de los tumores que no se evalúan mediante la estratificación de riesgos convencional. Esto genera la necesidad de marcadores adicionales para una adecuada evaluación del pronóstico y manejo clínico multimodal. Presentamos un estudio de prueba de concepto que evalúa la viabilidad de la espectrometría de masas por desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI) para identificar firmas peptídicas específicas vinculadas a parámetros pronósticos del cáncer de páncreas. En 18 pacientes con cáncer de páncreas exocrino después de la resección tumoral, se realizó un análisis de imagen MALDI además de la evaluación histopatológica. Se utilizó el análisis de componentes principales (PCA) para explorar la discriminación de las firmas peptídicas de características histopatológicas pronósticas y la curva característica del operador receptor (ROC) para identificar qué valores específicos son los más discriminativos entre los subgrupos pronósticos de pacientes. De 557 valores alineados, se identificaron firmas peptídicas discriminativas para las características histopatológicas pronósticas de invasión de vasos linfáticos (pL, 16 valores, ocho proteínas), metástasis nodal (pN, dos valores, una proteína) e angioinvasión (pV, 4 valores, dos proteínas). Estos resultados demuestran la viabilidad de la MALDI-MSI del tejido pancreático para identificar firmas peptídicas de relevancia pronóstica y pueden aumentar la evaluación del riesgo.