Análisis in silico de péptidos de abeja melífera como posibles inhibidores de la ARN polimerasa dirigida por ADN del capripoxvirus
Autores: Mustafa, Ghulam; Mahrosh, Hafiza Salaha; Salman, Mahwish; Ali, Muhammad; Arif, Rawaba; Ahmed, Sibtain; Ebaid, Hossam
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis in silico de péptidos de abeja melífera como posibles inhibidores de la ARN polimerasa dirigida por ADN del capripoxvirus
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Género
Capripoxvirus
Familia Poxviridae
Viruela ovina
Viruela caprina
Virus de la enfermedad de la piel nodular
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
El género Capripoxvirus pertenece a la familia Poxviridae. Los virus de la viruela ovina, viruela caprina y enfermedad de la piel nodular son tres especies de este género con un 96% de identidad en sus genomas. Estas son infecciones virales devastadoras desde el punto de vista financiero entre el ganado, que causan una reducción en los productos animales y conducen a pérdidas en las industrias ganaderas. En el estudio actual, se llevó a cabo un análisis filogenético para revelar las relaciones evolutivas de las especies de Capripoxvirus (es decir, el virus de la viruela ovina (SPPV), el virus de la viruela caprina (GTPV) y el virus de la enfermedad de la piel nodular (LSDV)) con otros virus de la familia Poxviridae con más del 96% de cobertura de consulta para encontrar el índice de similitud entre todos los miembros. Los tres virus (es decir, SPPV, GTPV y LSDV) se unieron al clado de Capripoxvirus de la familia Poxviridae en el árbol filogenético y exhibieron relaciones evolutivas cercanas. La alineación de secuencias múltiples utilizando ClustalOmega reveló variaciones significativas en las secuencias de proteínas de la ARN polimerasa dependiente de ADN de SPPV, GTPV y LSDV. Las estructuras tridimensionales de cinco péptidos seleccionados de abeja y la ARN polimerasa dirigida por ADN de SPPV, GTPV y LSDV fueron predichas utilizando trRosetta e I-TASSER y se utilizaron para estudios de acoplamiento molecular y simulación. El acoplamiento proteína-proteína se llevó a cabo utilizando el servidor HADDOCK para explorar la actividad antiviral de los péptidos como proteínas de abeja contra SPPV, GTPV y LSDV. En total, cinco péptidos fueron acoplados a la ARN polimerasa dirigida por ADN de estos virus. Los péptidos melitina y secapina-1 mostraron los puntajes de unión más bajos (-106.9 +/- 7.2 kcal/mol y -101.4 +/- 11.3 kcal/mol, respectivamente) y los mejores patrones con complejos estables. La simulación de dinámica molecular indicó que el complejo de la ARN polimerasa dependiente de ADN y el péptido melitina permaneció firmemente conectado y la unión del péptido a la proteína receptora fue estable. Los hallazgos de este estudio proporcionan evidencia de los péptidos de abeja como potentes agentes antimicrobianos contra los virus de la viruela ovina, viruela caprina y enfermedad de la piel nodular sin complejidad.
Descripción
El género Capripoxvirus pertenece a la familia Poxviridae. Los virus de la viruela ovina, viruela caprina y enfermedad de la piel nodular son tres especies de este género con un 96% de identidad en sus genomas. Estas son infecciones virales devastadoras desde el punto de vista financiero entre el ganado, que causan una reducción en los productos animales y conducen a pérdidas en las industrias ganaderas. En el estudio actual, se llevó a cabo un análisis filogenético para revelar las relaciones evolutivas de las especies de Capripoxvirus (es decir, el virus de la viruela ovina (SPPV), el virus de la viruela caprina (GTPV) y el virus de la enfermedad de la piel nodular (LSDV)) con otros virus de la familia Poxviridae con más del 96% de cobertura de consulta para encontrar el índice de similitud entre todos los miembros. Los tres virus (es decir, SPPV, GTPV y LSDV) se unieron al clado de Capripoxvirus de la familia Poxviridae en el árbol filogenético y exhibieron relaciones evolutivas cercanas. La alineación de secuencias múltiples utilizando ClustalOmega reveló variaciones significativas en las secuencias de proteínas de la ARN polimerasa dependiente de ADN de SPPV, GTPV y LSDV. Las estructuras tridimensionales de cinco péptidos seleccionados de abeja y la ARN polimerasa dirigida por ADN de SPPV, GTPV y LSDV fueron predichas utilizando trRosetta e I-TASSER y se utilizaron para estudios de acoplamiento molecular y simulación. El acoplamiento proteína-proteína se llevó a cabo utilizando el servidor HADDOCK para explorar la actividad antiviral de los péptidos como proteínas de abeja contra SPPV, GTPV y LSDV. En total, cinco péptidos fueron acoplados a la ARN polimerasa dirigida por ADN de estos virus. Los péptidos melitina y secapina-1 mostraron los puntajes de unión más bajos (-106.9 +/- 7.2 kcal/mol y -101.4 +/- 11.3 kcal/mol, respectivamente) y los mejores patrones con complejos estables. La simulación de dinámica molecular indicó que el complejo de la ARN polimerasa dependiente de ADN y el péptido melitina permaneció firmemente conectado y la unión del péptido a la proteína receptora fue estable. Los hallazgos de este estudio proporcionan evidencia de los péptidos de abeja como potentes agentes antimicrobianos contra los virus de la viruela ovina, viruela caprina y enfermedad de la piel nodular sin complejidad.