El Schizothoracin de gran cabeza y el Schizothoracin de Tarim son localmente simpátricos en la cuenca del río Tarim. Aunque se ha especulado que otro Schizothoracin en la cuenca del río Tarim es un híbrido de Schizothoracin de gran cabeza y Schizothoracin de Tarim, no había evidencia genética. Los estudios previos sobre la genética y evolución de los Schizothoracins en la provincia de Xinjiang se basaron principalmente en ADN mitocondrial (ADNmt), cuyas características de herencia materna dificultaron responder a la pregunta de si hubo hibridación e introgressión entre el Schizothoracin de gran cabeza y el Schizothoracin de Tarim. En este estudio, se genotipó el gen citocromo b del ADNmt y el espaciador interno transcrito 2 (ITS2) que está codificado por el genoma nuclear en todas las muestras al mismo tiempo. Nuestros resultados confirmaron que era el híbrido de Schizothoracin de gran cabeza y Schizothoracin de Tarim. También se detectaron genotipos heterocigotos de ITS2 y/o ADNmt tipo - en un subconjunto de muestras que deberían haberse identificado como puras según la morfología. El ITS2 se caracteriza por ser de copia múltiple, evolución concertada y herencia biparental. Así, al comparar con los datos de ADNmt, se reveló una hibridación bidireccional a gran escala y una introgressión entre el Schizothoracin de gran cabeza y el Schizothoracin de Tarim. Aunque la hibridación interespecífica puede desempeñar un papel positivo en la ecología y evolución, los híbridos interespecíficos podrían amenazar a sus especies parentales por la dilución genética y demográfica. Dado que ambos padres de la hibridación son peces en peligro crítico de extinción, en este caso, es urgentemente necesario fortalecer la evaluación científica de los riesgos de los híbridos y el control de la hibridación y la introgressión entre y en la cuenca del río Tarim.