A medida que las opciones de manejo de plagas, como los nematicidas, se vuelven más restrictivas, desarrollar portainjertos resistentes al nematodo de los cítricos es fundamental para la producción de cítricos. Este estudio proporciona una metodología actualizada para evaluar la resistencia al nematodo de los cítricos en programas de cría de portainjertos. Desarrollamos un método novedoso para extraer nematodos hembras de las raíces que es adecuado para trabajos moleculares y un método de cuantificación de nematodos basado en PCR en tiempo real. Estos procedimientos permiten escalar la evaluación a flujos de trabajo de alto rendimiento, aumentando las posibilidades de encontrar candidatos a portainjertos que combinen todas las características deseadas. Nuestros resultados contribuyen a la creciente literatura que apoya la cuantificación de nematodos con métodos moleculares.