Las enfermedades de cancro en madera causadas por hongos de la familia están produciendo pérdidas crecientes en muchos cultivos leñosos económicamente importantes, incluyendo el almendro. Desarrollar una herramienta molecular para la detección y cuantificación de las especies más agresivas y amenazantes es de suma importancia. Esto ayudará a prevenir la introducción de estos patógenos en nuevos huertos y a aplicar convenientemente las medidas de control apropiadas. Se han diseñado tres ensayos duplex qPCR fiables, sensibles y específicos utilizando sondas TaqMan para la detección y cuantificación de (a) y el género, (b) y la familia y (c) y la familia. Los protocolos de multiplex qPCR han sido validados en plantas infectadas artificial y naturalmente. Los sistemas directos para procesar materiales vegetales, sin purificación de ADN, permitieron la detección de alto rendimiento de los objetivos incluso en tejidos asintomáticos. Estos resultados validan el qPCR utilizando el método de preparación de muestras directas como una herramienta valiosa para el diagnóstico de la muerte regresiva por Botryosphaeria, permitiendo un análisis a gran escala y la detección preventiva de infecciones latentes.