La reacción en cadena de polimerasa digital (dPCR) es una tecnología innovadora basada en la partición de la muestra analítica y la detección de amplificaciones individuales en puntos finales en compartimentos separados. Entre las numerosas aplicaciones de esta tecnología, su idoneidad en la detección de mutaciones es relevante y se caracteriza por niveles de precisión sin precedentes. Se ha evaluado la aplicabilidad real de esta técnica analítica para cuantificar la presencia de un genotipo vegetal específico, tanto en materias primas como en productos transformados, aprovechando un polimorfismo puntual. Como prueba de concepto, se consideró una cadena de producción de pasta premium italiana y se diseñó y evaluó un ensayo de dPCR basado en una mutación puntual privada de una variedad objetivo de trigo duro en muestras de la cadena de suministro. A partir de los resultados obtenidos, el ensayo se puede aplicar para confirmar la presencia de una variedad objetivo y cuantificarla en materias primas y productos transformados, como lotes de grano comercial y pasta. Se ha comparado el rendimiento, los costos y la aplicabilidad del ensayo con alternativas analíticas, a saber, repeticiones de secuencia simple (SSRs) y genotipado por secuenciación basado en la secuenciación de Tecnología de Arrays de Diversidad (DArTseq).