El virus de la pox ciruela (PPV) es el agente etiológico de la sharka, la enfermedad viral más importante de los frutos de hueso en todo el mundo. En este estudio, se modificó una prueba de PCR en tiempo real de transcripción inversa en un solo paso (RT-qPCR) y se tradujo como una PCR digital por gotas de transcripción inversa en un solo paso (RT-ddPCR) para la detección y cuantificación sensible, directa y precisa del PPV. Las pruebas de detección de PPV modificadas RT-qPCR y RT-ddPCR se validaron utilizando tanto ARN total purificado de plantas (TRNA) como extracto crudo como plantillas. Las pruebas propuestas fueron sensibles, específicas, selectivas, repetibles y reproducibles en la detección de PPV a partir de muestras frescas, liofilizadas y de plantas. La RT-ddPCR fue más sensible que la RT-qPCR en la detección de PPV utilizando TRNA purificado, mientras que mostró la misma sensibilidad utilizando extracto crudo. Este trabajo destaca la robustez, el ahorro de tiempo y la naturaleza rentable de la prueba propuesta de RT-ddPCR en un solo paso, ofreciendo una posible reducción de recursos para la detección y cuantificación del PPV incluso con extractos crudos.