Un ensayo de PCR cuantitativa específica para especies (qPCR) utilizando ADN ambiental (eDNA) es una herramienta prometedora para análisis cualitativos y cuantitativos de especies objetivo directamente a partir de muestras de agua. A pesar de su fiabilidad, aún no se ha desarrollado un pipeline de ensayo de qPCR basado en eDNA para monitorear las especies de salmón que habitan en aguas coreanas, las cuales han estado disminuyendo rápidamente. Diseñamos cebadores específicos para cuatro especies que habitan las aguas costeras orientales a lo largo de la península de Corea. Estos incluyen cebadores para dos especies nativas y dos que fueron introducidas. El límite de detección y el límite de cuantificación para los cuatro ensayos de qPCR variaron de 4.11 a 10.38 copias y de 30 a 81 copias, respectivamente, lo que indica una alta sensibilidad y especificidad en las cuatro especies. Tras la optimización, los ensayos de qPCR se utilizaron para los análisis cuantitativos de las cuatro especies en el río Yangyangnamdae durante las temporadas de desove y no desove en el año 2019-2020, uno de los principales ríos por donde migran los salmones durante la temporada de desove en Corea. Los números de copias brutas en todas las muestras examinadas fueron normalizados por las tasas de inhibición de PCR para estandarizar y comparar con otros estudios. Entre las cuatro especies examinadas, la concentración de eDNA de aumentó significativamente (63.60 veces, < 0.0001) durante la temporada de desove (noviembre) en comparación con la de la temporada de no desove (marzo), lo que sugiere que es la principal especie de salmón que migra a través del río Yangyangnamdae. En contraste, no detectamos diferencias en la concentración de eDNA para las otras tres especies entre las temporadas de desove y no desove, lo que indica que su presencia no varía durante el año. Su concentración de eDNA también es relativamente baja en comparación con , lo que sugiere que hay pocos números de estas tres especies presentes en el río. En general, estos ensayos de qPCR recién desarrollados representan herramientas útiles de monitoreo para la gestión de cuatro especies de salmón en aguas coreanas.