La producción de anguilas de cultivo está gravemente amenazada por dos virus: el virus que infecta las células endoteliales de la anguila japonesa y el herpesvirus de anguilas 1. En caso de un brote de estos dos virus, los sistemas de acuicultura en recirculación utilizados en las granjas de anguilas facilitan la rápida transmisión de enfermedades entre los tanques. Esto no solo conduce a una mortalidad masiva, sino también a pérdidas económicas sustanciales. Por lo tanto, se requiere su detección temprana y precisa para garantizar respuestas rápidas y mitigar este riesgo. En este estudio, desarrollamos un método de PCR cuantitativa capaz de detectar simultáneamente ambos virus, y fue superior a los métodos de PCR convencionales. Se evaluaron muestras de agua y tejido de anguila de instalaciones de acuicultura mediante nuestra PCR propuesta, y los resultados mostraron que los virus podían encontrarse en el agua de 1 a 3 meses antes de que las anguilas mostraran signos de enfermedad. Por lo tanto, sus infecciones podrían detectarse temprano solo probando el agua. Además, el método pudo detectar de manera consistente cantidades muy pequeñas de los virus en muestras de agua y tejido. Nuestro enfoque ayuda en la identificación temprana de infecciones y en la gestión de enfermedades virales.