Objetivo: Evaluar los patrones longitudinales en la distribución de especies de peces nativas y no nativas en un río templado de tierras bajas, hidrológicamente fragmentado y ambientalmente variable.

Métodos: Se muestrearon cuatro sitios con condiciones ambientales y de hábitat contrastantes: un embalse de aguas claras, una laguna de aguas turbias y dos tramos de río con aguas claras y turbias cada uno. Las variables ambientales se midieron in situ y en laboratorio. Los peces se muestrearon con redes tresmallos y de arrastre de playa.

Resultados: Se identificaron dos escenarios ambientales principales: los tramos superiores, con aguas más frías, claras y pobres en nutrientes y oxígeno (embalse y su río aguas abajo), y los tramos inferiores, donde aumentaron la turbidez, oxígeno disuelto, temperatura del agua, conductividad y nutrientes (laguna y su río aguas abajo). Se recolectaron catorce especies con una alta proporción no nativa/nativa (4:10). Las especies no nativas (NNS) se restringieron a condiciones lénticas, dominadas por el pejerrey Odontesthes bonariensis. Las especies nativas (NS) prosperaron mejor en condiciones lóticas, donde el escenario turbio favoreció a las especies tolerantes. Las condiciones ambientales también influyeron en la distribución de las NNS. La estructura del ensamblaje de peces, considerando todas las especies, NNS o NS, difirió significativamente entre los tramos muestreados y las condiciones de hábitat (léntico-lótico). La abundancia total de peces fue mayor en los tramos lénticos. La riqueza y diversidad de especies se vieron favorecidas por el escenario turbio. La beta diversidad se explicó principalmente por el componente de reemplazo, evidenciando la sustitución de especies como el patrón principal de variación. La conductividad del agua, nitratos y oxígeno disuelto fueron las variables predictoras más importantes en los mejores y más frecuentes modelos explicativos de las estructuras de ensamblajes de peces.

Conclusiones: Nuestros resultados revelan que una fauna de peces neotropical de baja diversidad es alterada por la fragmentación de hábitats debido a la creación de embalses artificiales y la introducción de NNS. Las condiciones ambientales modulaban la estructura del ensamblaje de peces al afectar la distribución de especies, donde las especies tolerantes fueron favorecidas por aguas turbias, ricas en nutrientes, con mayor conductividad y pH.